L'expédition a duré plus de trois ans. Nicolas Baudin ne l'achèvera pas, la tuberculose le
terrasse sur le chemin du retour, en septembre 1803.
Dans le tumulte de l'histoire impériale, cette disparition et les conflits fréquents
entre Baudin , plusieurs de ses officiers et quelques savants, laissent d’abord croire à un échec
qui jettera pour longtemps dans l’ombre et l’oubli la figure de Nicolas Baudin.
Les exploits de Nicolas Baudin restèrent d'autant plus méconnus que François Peyron et
Louis Freycinet s'approprient ses découvertes.
C'est ainsi qu'en 1807, l'Imprimerie impériale publie le premier volume du récit du "Voyage aux Terres australes" rédigé par
François Péron, ainsi qu'un magnifique "Atlas" de quarante gravures d'après les dessins de Petit et Lesueur.
La mort de Péron retarde la parution du deuxième volume (1816).
En 1824, une deuxième édition présentera un atlas plus complet de soixante planches.
Dès la fin de son voyage aux Antilles, le botaniste Jussieu reconnaissait la richesse des collections ramenées par Nicolas Baudin.
C'est un autre scientifique, Georges Cuvier qui réhabilitera le navigateur.
En analysant les immenses collectes d’animaux et de végétaux rapportés de Nouvelle Hollande, naturalisés ou vivants,
il mettra en évidence l’exceptionnel apport scientifique de cette entreprise :
ce voyage avait doublé les connaissances occidentales sur la faune et la flore dans le monde.
Jacqueline Bonnemains, conservatrice du Muséum d'histoire naturelle du Havre,
a publié le journal personnel de bord du commandant Baudin.
L'Imprimerie nationale en a assuré l'impression et la diffusion.
Une maquette du "Géographe" a été réalisée par un arrière-petit neveu de Nicolas Baudin.
Elle a été reconstituée à partir de la description du navire fournie dans ce journal de bord et de la gravure en en-tête du papier à lettres de l'expédition.